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Phylogenetic, structural, and functional characterization of AMT3;1, an ammonium transporter induced by mycorrhization among model grasses

Koegel, Sally, Mieulet, Delphine, Baday, Sefer, Chatagnier, Odile, Lehmann, Moritz F., Wiemken, Andres, Boller, Thomas, Wipf, Daniel, Bernèche, Simon, Guiderdoni, Emmanuel, Courty, Pierre-Emmanuel

Journal:

Mycorrhiza

Année:

2017

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.58 MB

english, 2017

Anchoring of a monotopic membrane protein: the binding of prostaglandin H2synthase-1 to the surface of a phospholipid bilayer

Mafalda Nina, Simon Bernèche, Benoît Roux

Journal:

European Biophysics Journal

Année:

2000

Langue:

english

Fichier:

PDF, 889 KB

english, 2000

10.1038/35102067

Bernèche, Simon, Roux, Benoît

Journal:

Nature

Année:

2001

Langue:

english

Fichier:

PDF, 551 KB

english, 2001

Control of ion selectivity in potassium channels by electrostatic and dynamic properties of carbonyl ligands

Noskov, Sergei Yu., Bernèche, Simon, Roux, Benoît

Journal:

Nature

Année:

2004

Langue:

english

Fichier:

PDF, 261 KB

english, 2004

A Gate in the Selectivity Filter of Potassium Channels

Simon Bernèche, Benoît Roux

Journal:

Structure

Année:

2005

Langue:

english

Fichier:

PDF, 341 KB

english, 2005

Absence of Ion-Binding Affinity in the Putatively Inactivated Low-[K+] Structure of the KcsA Potassium Channel

Céline Boiteux, Simon Bernèche

Journal:

Structure

Année:

2011

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.84 MB

english, 2011

NanC Crystal Structure, a Model for Outer-Membrane Channels of the Acidic Sugar-Specific KdgM Porin Family

Christophe Wirth, Guy Condemine, Céline Boiteux, Simon Bernèche, Tilman Schirmer, Caroline M. Peneff

Journal:

Journal of Molecular Biology

Année:

2009

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.19 MB

english, 2009

Collaborative EM image processing with the IPLT image processing library and toolbox

Ansgar Philippsen, Andreas D. Schenk, Gian A. Signorell, Valerio Mariani, Simon Berneche, Andreas Engel

Journal:

Journal of Structural Biology

Année:

2007

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.15 MB

english, 2007

An antiparallel actin dimer is associated with the endocytic pathway in mammalian cells

Unai Silván, Céline Boiteux, Rosmarie Sütterlin, Ulrich Schroeder, Hans Georg Mannherz, Brigitte M. Jockusch, Simon Bernèche, Ueli Aebi, Cora-Ann Schoenenberger

Journal:

Journal of Structural Biology

Année:

2012

Langue:

english

Fichier:

PDF, 2.65 MB

english, 2012

Molecular Dynamics of the KcsA K+ Channel in a Bilayer Membrane

Bernèche, Simon, Roux, Benoît

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2000

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.55 MB

english, 2000

The Ionization State and the Conformation of Glu-71 in the KcsA K+ Channel

Bernèche, Simon, Roux, Benoît

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2002

Langue:

english

Fichier:

PDF, 515 KB

english, 2002

On the Potential Functions used in Molecular Dynamics Simulations of Ion Channels

Roux, Benoît, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2002

Langue:

english

Fichier:

PDF, 78 KB

english, 2002

Molecular Dynamics Simulation of Melittin in a Dimyristoylphosphatidylcholine Bilayer Membrane

Bernèche, Simon, Nina, Mafalda, Roux, Benoît

Journal:

Biophysical Journal

Année:

1998

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.74 MB

english, 1998

A Stable Water Chain in the Hydrophobic Pore of the AmtB Ammonium Transporter

Lamoureux, Guillaume, Klein, Michael L., Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2007

Langue:

english

Fichier:

PDF, 240 KB

english, 2007

Self-Learning Adaptive Umbrella Sampling Method for the Determination of Free Energy Landscapes in Multiple Dimensions

Wojtas-Niziurski, Wojciech, Meng, Yilin, Roux, Benoı̂t, Bernèche, Simon

Journal:

Journal of Chemical Theory and Computation

Année:

2013

Langue:

english

Fichier:

PDF, 2.10 MB

english, 2013

Ammonium Transporters Achieve Charge Transfer by Fragmenting Their Substrate

Wang, Shihao, Orabi, Esam A., Baday, Sefer, Bernèche, Simon, Lamoureux, Guillaume

Journal:

Journal of the American Chemical Society

Année:

2012

Langue:

english

Fichier:

PDF, 2.42 MB

english, 2012

Different Hydration Patterns in the Pores of AmtB and RhCG Could Determine Their Transport Mechanisms

Baday, Sefer, Wang, Shihao, Lamoureux, Guillaume, Bernèche, Simon

Journal:

Biochemistry

Année:

2013

Langue:

english

Fichier:

PDF, 3.34 MB

english, 2013

Two Distinct Transport Mechanisms in AmtB and RhCG Proteins

Baday, Sefer, Wang, Shihao, Lamoureux, Guillaume, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2013

Langue:

english

Fichier:

PDF, 41 KB

english, 2013

Obituary.

Baday, Sefer, Wang, Shihao, Lamoureux, Guillaume, Bernèche, Simon

Journal:

The Lancet

Année:

1857

Langue:

english

Fichier:

PDF, 401 KB

english, 1857

Computational Investigation of Charge Transfer Mechanisms in Ammonium Transporters

Wang, Shihao, Orabi, Esam A., Baday, Sefer, Bernèche, Simon, Lamoureux, Guillaume

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2013

Langue:

english

Fichier:

PDF, 41 KB

english, 2013

Permeation Mechanism in the AmtB Ammonium Transporter: Putative Electrogenic Co-Transport of NH3 and H+

Wang, Shihao, Baday, Sefer, Orabi, Esam A., Bernèche, Simon, Lamoureux, Guillaume

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2011

Langue:

english

Fichier:

PDF, 44 KB

english, 2011

Molecular Dynamics Study of Structural Elements Relevant to Gating of Kv Channels

Starek, Greg, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2011

Langue:

english

Fichier:

PDF, 35 KB

english, 2011

International symposium on advanced evoked potentials and related techniques in clinical neurophysiology: basic principles and special applications

Starek, Greg, Bernèche, Simon

Journal:

Clinical Neurology and Neurosurgery

Année:

1988

Langue:

english

Fichier:

PDF, 52 KB

english, 1988

Mechanisms of Fast Blockade and Gating of the MthK Channel Pore by Divalent Cations

Thomson, Andrew S., Heer, Florian, Berneche, Simon, Rothberg, Brad S.

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2013

Langue:

english

Fichier:

PDF, 40 KB

english, 2013

Aromatic Amino Acids Confer Folding Propensities to a Nine-Residue Peptide

Bignucolo, Olivier, Grzesiek, Stephan, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2013

Langue:

english

Fichier:

PDF, 52 KB

english, 2013

Conformational Changes Required for Chloride Ion Permeation in the CLC-ec1 Exchanger

Xu, Yanyan, Liang, Chungwen, Basilio, Daniel, Accardi, Alessio, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2014

Langue:

english

Fichier:

PDF, 65 KB

english, 2014

A Molecular Mechanics Model of a Closed Voltage-Gated Potassium Channel Generated from S4-S5 Linker LRET Measurements

Starek, Greg, Faure, Élise, McGuire, Hugo, Blunck, Rikard, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2013

Langue:

english

Fichier:

PDF, 39 KB

english, 2013

Ion Permeation in the MthK Potassium Channel

Heer, Florian, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2012

Langue:

english

Fichier:

PDF, 36 KB

english, 2012

Molecular Mechanics Investigation on the Mechanism of Multidrug Resistance

Xu, Yanyan, Seelig, Anna, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2012

Langue:

english

Fichier:

PDF, 37 KB

english, 2012

Investigating Co-Transport Mechanisms in the AmtB Ammonium Transporter using QM/MM Molecular Dynamics

Wang, Shihao, Baday, Sefer, Bernèche, Simon, Lamoureux, Guillaume

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2011

Langue:

english

Fichier:

PDF, 58 KB

english, 2011

Initial Steps of Inactivation at the K+ Channel Selectivity Filter

Thomson, Andrew S., Heer, Florian T., Smith, Frank J., Berneche, Simon, Rothberg, Brad S.

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2014

Langue:

english

Fichier:

PDF, 42 KB

english, 2014

Transport Mechanism in CLC H+/C- Exchangers

Liang, Chungwen, Xu, YanYan, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2014

Langue:

english

Fichier:

PDF, 44 KB

english, 2014

Investigating Ammonium Transport Mechanisms in AmtB and RhCG by Molecular Dynamics Simulations

Baday, Sefer, Wang, Shihao, Lamoureux, Guillaume, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2011

Langue:

english

Fichier:

PDF, 44 KB

english, 2011

Aromatic Amino Acids Promote Peptide Folding by Reducing Backbone Hydration

Bignucolo, Olivier, Grzesiek, Stephan, Berneche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2014

Langue:

english

Fichier:

PDF, 36 KB

english, 2014

Regulation of ion Permeation in the Selectivity Filter of Potassium Channels

Berneche, Simon, Wojtas-Niziurski, Wojciech, Heer, Florian

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2014

Langue:

english

Fichier:

PDF, 42 KB

english, 2014

Inactivation and Voltage-Dependent Rectification Mechanisms in the KcsA Potassium Channel

Boiteux, Celine, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2011

Langue:

english

Fichier:

PDF, 33 KB

english, 2011

Ion Channels, Permeation, and Electrostatics: Insight into the Function of KcsA

Roux, Benoît, Bernèche, Simon, Im, Wonpil

Journal:

Biochemistry

Année:

2000

Langue:

english

Fichier:

PDF, 220 KB

english, 2000

Synergistic substrate binding determines the stoichiometry of transport of a prokaryotic H+/Cl− exchanger

Picollo, Alessandra, Xu, Yanyan, Johner, Niklaus, Bernèche, Simon, Accardi, Alessio

Journal:

Nature Structural and Molecular Biology

Année:

2012

Langue:

english

Fichier:

PDF, 998 KB

english, 2012

A PDI-catalyzed thiol–disulfide switch regulates the production of hydrogen peroxide by human Ero1

Ramming, Thomas, Okumura, Masaki, Kanemura, Shingo, Baday, Sefer, Birk, Julia, Moes, Suzette, Spiess, Martin, Jenö, Paul, Bernèche, Simon, Inaba, Kenji, Appenzeller-Herzog, Christian

Journal:

Free Radical Biology and Medicine

Année:

2015

Langue:

english

Fichier:

PDF, 2.32 MB

english, 2015

Backbone Hydration Determines the Folding Signature of Amino Acid Residues

Bignucolo, Olivier, Leung, Hoi Tik Alvin, Grzesiek, Stephan, Bernèche, Simon

Journal:

Journal of the American Chemical Society

Année:

2015

Langue:

english

Fichier:

PDF, 647 KB

english, 2015

Mechanism of NH4+ Recruitment and NH3 Transport in Rh Proteins

Baday, Sefer, Orabi, Esam A., Wang, Shihao, Lamoureux, Guillaume, Bernèche, Simon

Journal:

Structure

Année:

2015

Langue:

english

Fichier:

PDF, 2.30 MB

english, 2015

Allocrite Sensing and Binding by the Breast Cancer Resistance Protein (ABCG2) and P-Glycoprotein (ABCB1)

Xu, Yanyan, Egido, Estefania, Li-Blatter, Xiaochun, Müller, Rita, Merino, Gracia, Bernèche, Simon, Seelig, Anna

Journal:

Biochemistry

Année:

2015

Langue:

english

Fichier:

PDF, 896 KB

english, 2015

A rigorous and efficient method to reweight very large conformational ensembles using average experimental data and to determine their relative information content

Leung, Hoi Tik Alvin, Bignucolo, Olivier, Aregger, Regula, Dames, Sonja, Bernèche, Simon, Grzesiek, Stephan

Journal:

Journal of Chemical Theory and Computation

Année:

2015

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.00 MB

english, 2015

Catch-bond mechanism of the bacterial adhesin FimH

Sauer, Maximilian M., Jakob, Roman P., Eras, Jonathan, Baday, Sefer, Eriş, Deniz, Navarra, Giulio, Bernèche, Simon, Ernst, Beat, Maier, Timm, Glockshuber, Rudi

Journal:

Nature Communications

Année:

2016

Langue:

english

Fichier:

PDF, 1.82 MB

english, 2016

Gating energetics of a voltage-dependent K + channel pore domain

Starek, Greg, Freites, J. Alfredo, Bernèche, Simon, Tobias, Douglas J.

Journal:

Journal of Computational Chemistry

Année:

2017

Langue:

english

Fichier:

PDF, 765 KB

english, 2017

Conformational dynamics and role of the acidic pocket in ASIC pH-dependent gating

Vullo, Sabrina, Bonifacio, Gaetano, Roy, Sophie, Johner, Niklaus, Bernèche, Simon, Kellenberger, Stephan

Journal:

Proceedings of the National Academy of Sciences

Année:

2017

Langue:

english

Fichier:

PDF, 3.31 MB

english, 2017

Molecular Mechanism of Cl − /H + Coupling in a CLC Antiporter

Xu, Yanyan, Vien, Malvin, Liang, Chungwen, Accardi, Alessio, Bernèche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2017

Langue:

english

Fichier:

PDF, 50 KB

english, 2017

Effect of Membrane Composition on Ion Conduction in a Voltage-Gated Potassium Channel

Johner, Niklaus B., Berneche, Simon

Journal:

Biophysical Journal

Année:

2017

Langue:

english

Fichier:

PDF, 46 KB

english, 2017

Unidirectional Transport Mechanism in an ATP Dependent Exporter

Xu, Yanyan, Seelig, Anna, Bernèche, Simon

Journal:

ACS Central Science

Année:

2017

Langue:

english

Fichier:

PDF, 3.69 MB

english, 2017

A bas les barrières… d’énergie dans les canaux potassiques !

Parent, Lucie, Sauvé, Rémy, Bernèche, Simon, Roux, Benoît

Journal:

médecine/sciences

Année:

2002

Langue:

french

Fichier:

PDF, 84 KB

french, 2002